Может не совсем правильный способ, но он работает.
Форматируем флешку в ntfs через parted (gparted) и выставляем флаг boot.
Монтируем образ:
mount -o loop /myimage.iso /mnt/image |
и копируем все содержимое образа на флэшку:
cp -r /mnt/image/* /media/disk/ |